Il 22 marzo 2008, durante la Veglia pasquale, Magdi Allam ha ricevuto il Battesimo, la Cresima e l’Eucaristia in San Pietro da papa Benedetto XVI, abbandonando l'Islam del quale ha detto: "al di là della contingenza che registra il sopravvento del fenomeno degli estremisti e del terrorismo islamico a livello mondiale, la radice del male è insita in un islam che è fisiologicamente violento e storicamente conflittuale".
Di Benedetto XVI ha dichiarato:
«Indubbiamente l’incontro più straordinario e significativo nella decisione di convertirmi è stato quello con il Papa Benedetto XVI, che ho ammirato e difeso da musulmano per la sua maestria nel porre il legame indissolubile tra fede e ragione come fondamento dell’autentica religione e della civiltà umana e a cui aderisco pienamente da cristiano per ispirarmi di nuova luce nel compimento della missione che Dio mi ha riservato.»
Con la conversione ha preso il nome di Cristiano. Già nel libro Grazie Gesù ha preso l'abitudine di firmarsi come Magdi Cristiano Allam.
Padrino del giornalista è stato Maurizio Lupi, membro di Comunione e Liberazione e deputato di Forza Italia.
Yahya Sergio Yahe Pallavicini, vicepresidente dell'organizzazione islamica italiana della CorEiS, ha dichiarato all'ANSA di rispettare la scelta di Allam, pur avanzando qualche perplessità per il momento e il luogo «di così grande valore simbolico» scelto per la conversione: «Se Allam realmente è stato spinto da una forte ispirazione spirituale, forse sarebbe stato meglio procedere con delicatezza, magari con un prete a Viterbo, dove egli vive».
L'UCOII, associazione islamica con la quale Allam ha sempre fortemente polemizzato, ha invece dichiarato per bocca del suo portavoce, l’imam ‘Izz al-Din al-Zir, di rispettare la scelta di Allam: «L'importante è che ogni persona viva la sua religiosità in modo pacifico e rispettando le altre religioni».
